= Análisis de fluorescencia en células iMOP. :toc:

Conjunto de programas para analizar los resultados experimentales de la fluorescencia en células iMOP.

== Requisitos

• Linux (probado en Debian 9.0 y Manjaro 18.0)
• Ruby
• Crystal
• Python
• Matplotlib
• ImageMagick
• TCL/TK
• RubyTK

== Estructura del proyecto

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./ ├── crop-rois.cr # Programa para recortar regiones de interés ├── fla.cr # Programa para analizar la fluorescencia ├── lib/ # Objetos auxiliares para los programas ├── exp/ # Directorio que contiene el experimento ├── plot-rois-lum.py # Programa para graficar los resultados del análisis de rois ├── readme.adoc # Explicación del programa ├── select-rois.rb # Programa para seleccionar rois de un conjunto de imagenes ├── imop-fluo.rb # Programa para realizar el análisis de inicio a fin └── view-rows.rb # Programa para visualizar las regiones de interés seleccionadas

== Iniciando

Asumiendo que la secuencia de imágenes del experimento de fluorescencia (en orden lexicográfico en el tiempo) se encuentra en el directorio in.

. Listar las imágenes en el directorio in +

find in -type 'f' -name '*.pgm' -print > imágenes.txt

. Elegir la región a analizar +

./select-rois.rb --nrois=1 - < imágenes.txt > region-a-analizar.txt

. Recortar la región a analizar +

./crop-rois.cr -- - < region-a-analizar.txt > recortes.txt

. Seleccionar las regiones de interés +

./select-rois.rb - --nrois=5 < recortes.txt > regiones-de-interes.txt

. Análisis de las regiones +

./fla.cr -- - < regiones-de-interes.txt > análisis.txt

. Graficar los resultados +

./plot-rois-lum.py - < análisis.txt

=== Una Linea

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find exp/imgs -type 'f' -name '*.pgm' -print | ./select-rois.rb --nrois=1 - | ./crop-rois.cr -- - --out-dir exp | ./select-rois.rb - --nrois=5 | ./fla.cr -- - | ./plot-rois-lum.py -

== imop-fluo.rb -h

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imop-fluo

Programa para realizar el análisis de principio a fin

Uso:

./imop-fluo.rb [directorio-experimento] [OPCIONES]

Opciones:

--steps= | -s= acciones a realizar default 1..6

1: recopilar archivos a procesar

2: seleccionar region a analizar

3: recortar la region a analizar

4: seleccionar rois

5: analizar las rois

6: graficar el analisis

--nrois= | -n= número de regiones a seleccionar

--help | -h desplegar esta información

Entrada:

El primer argumento es el directorio del experimento a analizar, el cúal

debe tener la siguiente estrurctura:

[exp]/

└─ imgs/

Salida:

Al finalizar el directorio del experimento contendrá los siguientes archivos:

adicionales:

[exp]/

├─ crop/ # Directorio con los recortes de la región a analizar

├─ files.txt # Imagenes procesadas en el directorio imgs/

├─ roi-to-crop.txt # Region a analizar del experimento

├─ crop-files.txt # Nombre de los archivos recortados

├─ rois.txt # Regiones de interés a procesar

├─ rois-fluo-data.txt # Evolución de la fluorecencia de las regiones

└─ fluo-graph.svg # Gráfica

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== select-rois.rb -h

---

select-rois

Este programa permite seleccionar las regiones de interés en una

secuencia de imágenes en formato "pnm".

Uso:

find [image-dir] -type 'f' | ./rois-select.rb -

ls [image-dir]/* | ./select-rois.rb -

./select-rois.rb - < [lista-imagenes.txt]

Opciones:

--nrois= | -n= número de regiones a seleccionar

--verbose | -v imprimir mas información (notas)

--help | -h desplegar esta información

Entrada:

Lee de STDIN los nombres de los archivos de imágenes en formato pgm

Formato:

# Comentario y lineas en blanco son ignoradas

Archivo-1.pgm

Archivo-2.pgm

Salida:

Escribe a SDTOUT los nombres de los archivos y su respectivas regiones

de interés

Formato:

# Notas

=> Nombre-de-archivo-1.pgm

x1 y1 x2 y2

x1 y1 x2 y2

x1 y1 x2 y2

=> nombre-de-archivo-2.pgm

x1 y1 x2 y2

x1 y1 x2 y2

x1 y1 x2 y2

---

== crop-rois.cr -h

---

crop-rois

Este programa se encarga de recortar una región de las imágenes en "pnm",

escribe nuevas imágenes con las regiones recortadas.

Uso:

ls [im-dir]/* | ./select-rois.rb - -n=1 | ./crop-rois.cr -

./crop-rois.cr - < [lista-regiones.txt]

Opciones:

--out-dir= ruta donde colocar el directorio de imágenes recortadas

--dir-name= directorio donde se colocan las imágenes recortadas

--verbose | -v

--help | -h

Entrada:

Lee de STDIN los nombres de los archivos con orden lexicográfico y

las regiones de interés de las cuales generar las nuevas imágenes

Formato:

# Comentario

=> Nombre-archivo-1.pgm

x1 y1 x2 y2

=> Nombre-archivo-2.pgm

x1 y1 x2 y2

Salida:

Escribe a STDOUT los nombres de los archivos generados

recorte-archivo-1.pgm

recorte-archivo-2.pgm

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== fla.cr -h

---

fla - fluorecense analysis

Este script se encarga de analizar la respuesta al estimulo de calcio en

celulas iMop, de las imágenes en formato "pnm".

Uso:

ls [imr-dir]/* | ./select-rois.rb - -n=3 | ./fla.cr -

./fla.cr - < [lista-regiones.txt]

Entrada:

Lee de STDIN los nombres de los archivos en orden lexicográfico en el

tiempo y las regiones de interés a analizar en cada imagen

Formato:

# Comentario

=> Nombre-archivo-1.pgm

x1 y1 x2 y2

x1 y1 x2 y2

=> Nombre-archivo-2.pgm

x1 y1 x2 y2

x1 y1 x2 y2

Salida:

Escribe a STDOUT la respuesta en luminicencia promedio normalizada de la

intensidad de las regiones

Formato:

valor-roi-1 valor-roi-2 valor-roi3

valor-roi-1 valor-roi-2 valor-roi3

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== plot-rois-lum.py -h

---

plot-rois-lum

Este programa se encarga de graficar las regiones

Uso :

./fla.rb - < regiones.txt | ./plot-rois-lum.py -

./plot-rois-lum.py - < [analisis-de-evolución.txt]

Entrada:

Recibe a SDTIN la respuesta de cada región

Formato:

valor-roi-1 valor-roi-2 valor-roi-3

valor-roi-1 valor-roi-2 valor-roi-3

valor-roi-1 valor-roi-2 valor-roi-3

Salida:

Muestra la gráfica y escribe un archivo en formato "png"

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== view-rois.rb -h

---

view-rois

Este programa se encarga de visualizar las regiones de interés

Uso:

ls in/* | ./select-rois.rb -nrois 4 - | ./view-rois.rb -

./view-rois.rb - < [regiones.txt]

Opciones:

--out-dir= ruta donde colocar el directorio de imágenes del video

--dir-name= directorio donde se colocan las imágenes

--verbose | -v

--help | -h

Entrada:

Lee de STDIN los nombres de las imágenes y sus rois correspondientes

Formato:

=> nombre-archivo-01.pgm

x1 y1 x2 y2

x1 y1 x2 y2

=> nombre-archivo-02.pgm

x1 y1 x2 y2

x1 y1 x2 y2

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